Egzamin gimnazjalny rozpoczął się we wtorek 23 kwietnia. Uczniowie o 9:00 pisali test z historii i WOS-u, a o 11:00 przystąpili do egzaminu z języka polskiego. Czas na udzielenie odpowiedzi wynosił odpowiednio 60 i 90 minut. Dla uczniów z różnymi dysfunkcjami czas trwania pierwszego egzaminu mógł być przedłużony maksymalnie o 20 minut, a drugiego – o 45 minut.
Środa była drugim dniem egzaminów gimnazjalnych. Uzbrojeni w legitymacje szkolne, przybory do pisania, ale pozbawieni komórek i maskotek, uczniowie III klas gimnazjów przystąpili do kolejnej próby dorosłości. Na egzaminie z wiedzy matematyczno-przyrodniczej uczniowie otrzymali do rozwiązania dwa bloki zadań. Sprawdzian obejmował matematykę, biologię, chemię, fizykę i geografię.
Tak jak wtorkowy egzamin i środowy przebiegał w dwóch turach.
W czwartek egzamin gimnazjalny 2013 z języka angielskiego i niemieckiego przeprowadzany był na dwóch poziomach. Najpierw test na poziomie podstawowym. Na rozwiązanie zadań uczniowie mieli 60 minut (dyslektycy 80 minut). Po godzinnej przerwie gimnazjaliści przystąpili do testu na poziomie rozszerzonym. Trwał on 60 minut (dla dyslektyków 90 minut).
Egzamin na poziomie rozszerzonym zdawała tylko część uczniów – tylko ci, którzy w gimnazjum kontynuują naukę danego, wybranego języka obcego rozpoczętą w szkole podstawowej.